Kirken indvendig

Når man entrerer Hellig Kors Kirke, træder man ind i våbenhuset. Våbenhusets størrelse er dikteret af kirkens tårn og er derfor blevet lidt vel lille (4x4 meter) til overhovedet at have nogen anden funktion end en fin entré til kirken. Der er da også ofret en del på udsmykningen, blandt andet ses Københavns byvåben som tak til en af kirkens mange sponsorer. 

Umiddelbart inde i kirken, under orgelpulpituret, hænger kirkens præstetavler. De er doneret af Jean Eilertsen, der var kirkeværge op gennem 1950'erne og 1960'erne.

Fra gulv til loft
Kirkerummets vægge er nederst beklædt med træpaneler efterfulgt af en egebladsfrise. Dernæst kridtstenskvadre og øverst en udskåret kant, der afslutter væggene inden trækassetteloftet. 
Kirken skulle efter planen have haft muret hvælving. Men da budgettet i så fald ville blive kraftigt overskredet, måtte man nøjes med træ. Ligeledes skulle loftet oprindelig have været malet hvidt, men man valgte at bejdse det. Det har gjort rummet noget mørkt, men tilfører det også et stænk af mystik.

I de to sideskibe er der indsat pulpiturer, så kirken oprindelig kunne rumme 1.600 mennesker, heraf halvdelen siddende. I sognet boede der 26.000 indbyggere, da kirken blev opført. De mest velstillede kunne reservere plads på de forreste bænke mod betaling - der ses endnu rester af lukkemekanismer i de forreste bænkeradder. I 1960 blev balustraden mellem kor og skib fjernet sammen med de fire forreste bænkerader, så kirken nu kan rumme 612 personer. 
Til sammenligning bor der i dag 12.000 indbyggere i Blågårdens sogn (som det hedder efter sognesammenlægningen i 1999). 

Kirkerummet er holdt i et beskedent farvevalg. De tre grundfarver er grå, grøn og rød suppleret med ganske små felter gul og blå omkring vinduerne. Denne minimalistiske farveholdning har arkitekt, Storck, formentlig hentet fra de danske landsbykirkers gotiske kalkmalerier, hvor han, i årene forinden arbejdet med Hellig Kors Kirke, gennemførte ret hårdhændede restaureringer.

Orgel 
I dag står kirken som i 1890 bortset fra, nogle bænkeradder der er blevet fjernet samt at der i 1965 kom nyt orgel. 
Det oprindelige orgel, skænket til kirken af en af mange mæcener, havde fået sølvmedalje på Den Store Nordiske Kunst- og Industriudstilling i 1888. I 1950'erne fandt man orglet inderligt utidssvarende, og ministeriets konsulent betegnede det som "af ret tvivlsom historisk værdi" - et skøn der ikke deles af nutidens orgelkendere. Det nuværende orgel er bygget af Starup & Søn og har 33 stemmer (oprindeligt 29 – læs mere HER).
 
Prædikestol
Kirkens prædikestol og altertavle er tegnet af arkitekt Storck, med tydelig gotisk inspiration.
På prædikestolen går den sekstakkede Davidsstjerne igen som motiv, mens vindrueklasen giver den et strejf af jugendstil.
Ved trappen er et sammeslynget "IHS" som betyder: Iesus Hominum Salvator (= Jesus menneskenes frelser) - årstallet er 1889.
Prædikestolen er gennemrenoveret af Nationalmuseet i 2018.

Altertavle
Altertavlen er udført som et stort træskærerarbejde. Altertavlens centrale felt viser korsfæstelsen, som den er beskrevet hos evangelisten Johannes, kapitel 19 vers 20-27. Øverst på korset ses inskriptionen "INRI" som betyder Iesus af Nazareth, Rex Iudæorum (= Jesus af Nazareth, Jødernes konge), inskriptionen er kronet af Helligåndens due. Jomfu Maria, og evangelisten Johannes står på hver sin side af korset, og Jesus siger til sin mor, Jomfru Maria: "Se, det er din søn" og til Johannes siger han: "Se, det er din mor", hvorved han sikrede sig, at hans mor ikke skulle lide nød, når han selv var død. 

Knælende ses en kvindeskikkelse med udslået hår som en indikation af, at hendes sorg er mere lidenskabelig. Kvindeskikkelsen er Maria Magdalene, skøgen der blev omvendt.
Nedenunder ses en mere konventionel fremstilling af nadveren, og på alterets sidefløje ses de fire evangelister med deres symboler:
Matthæus – mennesket
Markus – løven
Lukas – oksen
Johannes – ørnen.
Øverst troner Gud, Herren, med jordkuglen i sin hånd omgivet af to engle.
Ved en restaurering i 1989 blev flere detaljer guldbelagt. Altertavlen er senest blevet restaureret i foråret 2014.

Evangelistsymbolerne går igen på kirkens døbefont, der er tegnet af V. Koch.